ＪＲ九州バス大分支店は大分市の坂ノ市車庫と臼杵市の臼杵車庫との２拠点があったようですが、平成１５年に佐賀関線と坂の市線が、平成１９年には臼三線がそれぞれ廃止され（大分バスとその子会社が路線を引き継ぎました）大分での拠点そのものが廃止されました。廃止前は鉄道に接続して別府〜湯布院〜黒川温泉〜阿蘇駅間の観光周遊バス「あそゆふ高原バス」の運行も行っておりました。（こちらは現在亀の井バスが運行）
一方、ＪＲ九州バス山鹿支店は熊本県山鹿市に拠点を置き、山鹿線（瀬高駅〜山鹿温泉駅〜肥後大津駅間）の運行を行っておりました。平成１８年２月をもって路線廃止され、瀬高駅〜山鹿間が産交バスへ、山鹿〜肥後大津駅間が産交バスと熊本電鉄バスがそれぞれ引き継ぎました。
両拠点とも一般路線車両の一部が（産交バスをのぞき）それぞれのバス会社に引き継がれております。貸切バスについては他の支店へ転属しております。
ここでは、かつて存在したＪＲ九州バスの大分支店と山鹿支店の車両のうち、トラフィックタウンＨＰ管理人が撮影したものを紹介していきます。大分支店路線車に関しては管理人が撮影できなかったため持ち合わせておりませんので掲載できません。ご了承ください。